Ok, danke Targor und Pagnol. Leider habe ich in 0.3.1 zwar einen Fehler gefixt aber auch einen neuen beim Abspeichern der finalen ebook.xhtml eingebaut.
Notiz an mich selbst:
Versuche nie wieder "schnell mal zwischendrin" einen Bugfix einzubauen, wenn eigentlich Zeit genug da ist!
In 0.3.2 funktioniert das Entfernen von ungültigen Zeichen (bspw. 0x000) aus dem XHTML sowie das finale Abspeichern im UTF-8-Encoding wieder korrekt.