Ob man OpenOffice oder LibreOffice benutzt ist letztendlich egal. In beiden Programmen werden mehr oder weniger die gleichen Plugins benutzt. Wenn man eine Beta benutzt, ist immer davon auszugehen, dass manches noch nicht so richtig funktioniert. Das ist auch beim Zusammenspiel von LibreOffice der Version 3.4.6 / 3.5.1 und den Plugins so.
Auch wenn du schon fit in html bist,
hier ein nettes Tutorial zur Epub-Erstellung. Wie ich mit meinen ersten Epub-Gehversuchen angefangen habe, war mein größtes Problem, dass ich zuviel über hmtl wußte.