Der Mobipocket Creator konvertiert pdfs schon erstaunlich gut. In welches Format willst du die pdfs denn umwandeln?
Wenn es in epub ist, kannst du sie im Nachhinein gut mit
Sigil bearbeiten und die von dir angemerkten Punkte relativ einfach nachbearbeiten. Abschnitte kannst du z.B. in Sigil manuell selbst setzen.