Finalement j'ai réussi à trouver la réponse en fouillant encore sur le net
Tout est géré par calibre, sans passer par un export des livres dans un dossier externe sur l'ordi ce qui est vraiment pratique pour faire des synchronisations.
Pour ma part je fais une hiérarchie en dossier genre/auteur/serie - numero de serie - titre
Pour cela il faut aller dans :
-menu configurer son appareil : cocher utiliser les sous-répertoires et sauvegarder le modèle {tags}/{author_sort}/{series}{series_index:0>2s| | – }{title}
Le modèle est à construire en fonction de ce que vous voulez obtenir bien sur.
- aller dans préférences/tableau de connexion des métadonnées. La, je n'ai pas réussi à le faire fonctionner en utilisant cybook comme appareil donc j'ai mis "any device". Format epub, modèle source : {series}{series_index:0>2s| | – }{title} et champ de destination : title.
Et là, tout est parfait : classement par genre et nom de la série dans le titre du livre
