No sé dónde guarda el Colections Manager la información de las colecciones, pero entiendo que si lo desinstalas, actualizas y lo vuelves a instalar, esa información se debería conservar. No obstante, lo mejor es que conectes mediante el cable USB y revises las carpetas que hay en tu Kindle. Si hay alguna que se llama "Colections manager", o similar, yo la copiaría al ordenador antes de hacer nada, para poder restaurarla si durante el proceso desaparece, porque seguramente ahí dentro esté la información de las colecciones.
Lo del kindlet jailbreak, sinceramente no sé lo que es. Si es algún tipo de jailbreak, en principio no sería necesario desinstalarlo. Además, siempre puedes probar con él. Si la actualización de firmware te da un error 006, entonces es que no "traga" y tendrías que quitarlo.
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