Bis auf Deine Ordnerstruktur tut Calibre genau das. Der einzige Unterschied zu Deinen Bedürfnissen ist, dass Calibre einen selbstverwalteten Bibliotheksordner hat, in dem Du tunlichst nichts selbst tust...
Hilfreich wäre natürlich noch so etwas wie das Format, das Du bearbeiten willst, für ePub kann Sigil sowas zum Beispiel, wenn auch nur für einzelne Bücher. Für Mobipocket hab ich früher mal eine Kommandozeilen- Toolsammlung benutzt, die Mobiperl hieß, ich weiß aber nicht, ob es die noch gibt.
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