Calibre ist ziemlich gut, aber nicht perfekt. Es akzeptiert im Gegensatz zu den offiziellen Amazon-Programmen auch epubs mit strukturellen Fehlern.
Zum Testen solltest Du besser eines der
KF8-Beispielbücher herunterladen.
Falls das korrekt angezeigt wird, versuche mal Deine ePub-Datei mit dem Kindle Previewer zu öffnen.