Ok, danke Targor. Ich denke, ich weiß woran es liegt. Sollte nicht zu schwierig zu beheben sein. Offensichtlich klappt die Unterscheidung auf Seite mit Inhalt, Seite mit Inhalt + verlinkte Unterkapitel, Seite ohne Inhalt mit verlinkten Unterkapiteln nicht korrekt.
Mal ganz ehrlich gesagt, gehört sowas aber auch verboten - bei der Verschachtelungstiefe reichen ja die HTML-Headings (h1-h6) nicht mehr aus!
Das habe ich übrigends so abgefangen, dass ich die Überschriften (außer für Fußnoten) nicht kleiner bzw. "größer" als h4 werden lasse - also h5 und h6 generiere ich nicht für Kapitelüberschriften. Ich weiß aber nicht, ob das so perfekt ist. Spätestens bei h6 müsste ich allerdings sowieso aufhören...