pdftk kann die Metadaten von PDF-Dateien ändern. Prinzipiell bräuchtest Du ein Skript oder ein Programm, das aus den Dateinamen
Meta-Daten-Dateien für pdftk erstellt bzw. vorher ausgelesene Meta-Daten mit den Infos aus dem Dateinamen ändert und dann via pdftk in den PDF-Dateien aktualisiert. Dazu müssten die Dateinamen allerdings möglichst einem einheitlichen Schema (bspw. Author_Titel.pdf) folgen. Wie ist denn das Schema der Dateinamen bei den betreffenden PDFs?