You forgot to update the fonts in eBook Library and/or delete the layout cache on the Reader.
http://www.the-ebook.org/forum/viewtopic.php?t=7835
See "Q: Я русифицировал Ридер (купил уже русифицированный), но сделанные мною LRF файлы показываются с пропусками строк, страниц, неправильно и т.п."