Vermutlich unterstützt FBReader optionale Trennzeichen nicht. Da Sigil diese Trennzeichen nicht besonders anzeigt, musst Du sie mit dem folgenden regulären Ausdruck suchen:
\x{00AD}
Falls das Problem bei mehreren Büchern auftritt, lohnt es sich vielleicht, das Calibre-Plugin
Hyphenate This! zu installieren, mit dem man diese Trennzeichen automatisch einfügen oder entfernen kann.