Effectivement, si ePub et les systèmes de lecture ont encore du mal avec les pop-up (c'est ma première tentative de formatage vers ePub)...
Tant que l'ergonomie reste simple (aller-retour), cela reste acceptable. (Le terme "note de
bas de page" est évidemment impropre dans ce contexte ! Et je connais bien le système des "ancres" en html.)
Quant à l'usage des notes : si l'on peut s'en passer, à quoi bon les mettre ? Je les conçois, le plus souvent, comme des parenthèses informatives. Elles viennent éclairer ou compléter le propos, en en permettant une lecture légèrement différée, évitant une rupture trop longue dans la fluidité du texte principal.