>mtravellerh: Ja die prc sind fehlerfrei. Darum bin ich ziemlich sicher dass der Fehler bei Calibre liegt.
Vielen Dank für den link Tom! Ich habe Version 0.6.45. Werd jetzt mal eine ältere Version probieren. Hoffe es klappt dann wieder.
Edit:
Jetzt hab ich die Versionen 0.45, 0.44, 0.31 probiert, aber immer das gleiche Ergebnis.

Ich wandle jetzt ältere PDFs die ich schon als epub gelesen habe noch mal um, mal sehen ob es am PDF liegt. Sonst werd ich halt die vielen Absätze bei PDF in Kauf nehmen. (müssen)