Das .html kannst du nicht hochladen nehme ich an? Klingt etwas verwirrend.
Wie sind denn die Absätze in der .html Datei definiert? Mit <br> oder <p></p> Tags? Mit p-Tags hatte ich noch nie Probleme, <br> hatte ich noch nie in einem für ebook bestimmten HTML.
Zum Inhaltsverzeichnis: Wie meinst du das? Das Inhaltsverzeichnis, das in der toc steht oder ein verlinktes Inhaltsverzeichnis, das sozusagen im Text des Buches steht. (War das verständlich ausgedrückt?)
PS.: Was ist eigentlich mit Book Jacket gemeint? Schon der normale Text, oder?