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Lorsque vous ajoutez un livre (un .epub par exemple), Calibre copie le fichier original dans sa bibliothèque et extrait la couverture et les métadonnées.
Vous aurez donc 3 fichiers dans le dossier des fichiers du livre. Il renseigne également la base de données (le fichier metadata.db commun à toute la bibliothèque) pour des raisons de performance : Interroger une base de données est beaucoup plus rapide que rechercher dans une bibliothèque pouvant comporter plusieurs milliers de fichiers.

Si vous modifiez les métadonnées d'un livre, Calibre ne va pas les intégrer aussitôt dans le fichier .epub (encore pour des raisons de performance).
En revanche, lors du transfert vers votre liseuse, Calibre, par défaut, intégrera les métadonnées modifiées dans le livre envoyé.

Il existe plusieurs méthodes pour intégrer les métadonnées dans le fichier .epub avant transfert.

En voici 2 :

Préférences > Barre d'outils & menu > choisir barre d'outils principale > faire passer 'Intégrer les métadonnées' et 'Polir des livres' des Actions disponibles aux Actions en cours.

1 - Intégrer les métadonnées : en cliquant sur l'icône vous intégrerez les métadonnées, mais la couverture si elle a été modifiée ne le sera pas.

2 - Polir des livres : vous pouvez intégrer les métadonnées et la couverture, mais par défaut Calibre va également sauvegarder le fichier original sous la forme .original_epub.
Aller dans Préférences > Ajustements > Sauvegarder le fichier original... > Mettre 'save_original_format_when_polishing' à 'False' si vous ne le souhaitez pas.

Pour mieux comprendre : prenez un livre dans un dossier de votre bibliothèque Calibre puis après modification des métadonnées et pour chaque action, ajoutez-le à Calibre.
Vous aurez ainsi dans l'interface de Calibre, le livre après la prise en compte des actions ou modifications effectuées.