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You could use an SQLite utility to check the KoboReader.sqlite database in the .kobo directory to see if it has been corrupted. This can be caused by not safely ejecting your Kobo ereader.
If you have calibre and the KoboUtilities plugin install, it has an option to check the database. It can also do automated backups which makes it easier to recover as much as possibly from a database corruption.
Automated translation courtesy of Google:
Puede usar una utilidad SQLite para verificar la base de datos KoboReader.sqlite en el directorio .kobo para ver si se ha dañado. Esto puede ser causado por no expulsar de forma segura tu ereader Kobo.
Si tiene instalado calibre y el complemento KoboUtilities, tiene una opción para verificar la base de datos. También puede realizar copias de seguridad automáticas, lo que facilita la recuperación de la corrupción de la base de datos.
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