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Cada dispositivo tiene un formato de anotado diferente y en general incompatible entre sí.
Para Kobo creo que hay algún complemento en Calibre que permite guardar las anotaciones del Kobo en la base de datos de Calibre, pero olvidate de abrir ese mismo libro en otro lector de otra marca y tener disponibles tus anotaciones.
Por otro lado, creo que una vez en Calibre, puedes exportar a HTML o a texto sin formato las anotaciones.
Yo, cuando quiero o tengo que anotar un libro, lo que hago es convertirlo a PDF con un tamaño de página de libro normal, y entonces lo anoto desde mi iPad con cualquier visor PDF. En contra del ePub, el PDF sí que tiene un estándar de anotado que se añade al final del PDF y se puede ver/cambiar en casi cualquier visor. Una vez que has terminado con el libro, lo puedes "aplanar" (flatten en terminología PDF) y convertir tus anotaciones en fijas dentro del libro o seguir como anotaciones, que se podrán editar/cambiar con otros visores.
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