In jedem Fall der Creator! Er gibt dir die Möglichkeit Menüs zu erstellen, das Cover zu bestimmen und die Metainformationen anzugeben.
Direktes Umwandeln ist zwar möglich, es empfiehlt sich allerdings den Zwischenschritt über html-Export (möglichst eine frühe html-Version ohne CSS) zu nehmen und ein wenig Hand an den Quelltext zu legen bevor Du das file ins mobi-Format konvertierst.
Außer natürlich Du legst ausschließlich Wert auf den Inhalt und die Aufmachung ist dir egal