Ich fasse die Lösung kurz in Deutsch zusammen:
Pocketbook bzw. das Inkpad mögen Metadaten nur in einer bestimmten Reihenfolge. Durch das Löschen der non-dc:metadata mit dem Plugin
Modify epub und anschließendem "Polish Books" wird die vom Pocketbook erwartete Reihenfolge erreicht.
Schön wäre es natürlich, wenn das Inkpad alle Metadaten auch ohne diesen Umweg anzeigen könnte.