Eine Regex-Suche stelle ich mir schwierig vor (bin aber kein Experte), allerdings könntest du, nachdem du Gruppen von drei Punkten in das entsprechende Zeichen verwandelt hast (»…«, beim PC mit Alt+0133) schauen, ob noch irgendwo Zweipunktgruppen übrig sind.
Das löst allerdings nicht das Problem der von Abbyy ebenfalls gern gelöschten »;“«.
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