Hola, y bienvenido.
Si te manejas en inglés, te será mucho más rentable consultar el foro principal de calibre y otros recursos... En caso contrario, te recomiendo encarecidamente que te pongas las pilas con el inglés
(por ejemplo, podrías echar un vistazo al código fuente de calibre para ver exactamente cómo obtiene los metadatos, y aparte de que los lenguajes de programación están casi todos basados en el inglés, los comentarios en el código también estarán en inglés).
Sobre la descarga de metadatos, no sé los detalles, pero en "Preferencias > Descarga de metadatos" puedes configurar los orígenes. Posiblemente cada uno de ellos tiene programado su formato correspondiente.
En cuanto al nombre del fichero, si te refieres al que se emplea cuando usas "Guardar en disco", lo puedes configurar en "Preferencias > Guardar libros en disco", en el campo "Plantilla de guardado". Por ejemplo, yo tengo:
{author_sort:.1}/{author_sort:list_item(0,&)}/{series}{series_index:0>4.1f| - | - }{title}
Que resulta en:
C/Cervantes Saavedra, Miguel de/El ingenioso hidalgo don Quijote de la Mancha.epub
P/Perez Galdos, Benito/Torquemada - 03.0 - Torquemada en el Purgatorio.epub
Si te refieres a cómo se guardan los libros en la biblioteca de calibre, eso no se puede cambiar (por lo que yo sé), es un formato interno de calibre y aunque pretende ser inteligible, no está pensado para ser configurable.