Hola quasarmx,
¿Has probado la versión portátil de Sigil?
Si funciona, podría copiar / importar tus viejos cambios en la versión portátil.
Mira aquí:
http://portableapps.com/news/2015-03...0.8.5-released
Si todavía tiene problemas, yo le aconsejo que enviar tu problema en el foro de Sigil.

(Ya hecho!)