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Der Calibre Editor ist nicht dasselbe wie die Buchkonversion in Calibre, die diese Grausamkeiten produziert. Der steht für sich (müsste auch getrennt in deiner Programmliste aufgeführt sein, da er automatisch mt Calibre mitinstalliert wird) und funktioniert sehr ähnlich wie Sigil.
Und die "Smarten Punctuation"-Funktion verhindert genau das Problem, das du jetzt hast: die Ersetzung der quotes in den tags. (Das geht bestimmt auch mt Regex irgendwie, aber ein Experte bin ich da auch nicht...)
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