Die falschen Umbrüche in Abbyy lassen sich meines Wissens nur manuell reparieren. Es gibt sie ja auch nicht nur am Seitenende, sondern gern auch mitten auf der Seite. Ich gehe Bücher, die aus Abbyy kommen, komplett durch und überprüfe jeden Absatzwechsel.
Für die Leerzeile könntest du im erkannten Text ein sonst nicht benutztes Zeichen einfügen, die du nachher im Epub wieder durch eine Leerzeile (bzw. besser durch einen größeren oberen Rand beim folgenden Absatz) ersetzt.
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