Vielen Dank, das hat ziemlich gut geklappt.
Ich habe zuerst die Datei entpackt und mit Gimp geöffnet, dort die kleinen Ebenen entfernt und die beiden grösseren zusammengeführt, so dass die Transparenz erhalten bleibt. Dann das ganz als sigil.gif gespeichert.
Anschliessend diese Datei mit Inkscap geöffnet und gleich wieder als sigil.svg gespeichert, so dass ich nun eine Vektor-Grafik habe.
Diese Datei wurde anschliessend in den Ordner /usr/share/icons/hicolor/scalable/apps/ geladen und den Sigil-Schnellstarter entsprechend bearbeitet.
Nun habe ich das korrekte Icon.
Sollte jemand das auch wollen, dann ist die Datei hier um heruntergeladen zu werden.
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