Hoffentlich hast du über Calibre gelöscht und nicht direkt per Explorer.
Ansonsten lass Calibre die Bibliothek überprüfen. Könnte ja sein das sie ein paar Fehler enthält, die Calibre ausbremsen.
Nach Massenaktionen, z.B. sehr viel Löschen, ist eine Überprüfung sowieso eine gute Idee. Programme, die im täglichen Kleinklein tadellos funktionieren, können bei großen Aktionen plötzlich patzen. Ganz einfach weil die Entwickler selten die Möglichkeit haben unter Last zu testen.
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