Hi, welcome,
zu 1: nein, Werkseinstellungen löscht keine updates
zu 2: im Menü der Bibliothek kannst du einstellen, ob dir Bücher vom internen Speicher, von der SD-Karte oder beides angezeigt werden. Geordnet nach Ordner oder aber Autor, Titel, etc...
zu 3: ich benutz calibre nicht, das denkt mir zu selbständig. Sollte man irgendwo in den Einstellungen von calibre finden, wo was hinkommt. Benutz eine Dateiverwaltung, dann weißt du, wo was ist....