Da Dein Buch anscheinend nur aus einer HTML-Datei besteht, würde Dir vorschlagen, mit
Sigil aus Deinem Buch eine ePub-Datei zu machen, weil sich dann Fehler leichter eingrenzen lassen und fehlerfreie ePubs mit KindleGen ohne Probleme konvertiert werden.
Dazu musst Du einfach die HTML-Datei und das Cover-Bild zu einem neuen Sigil-Projekt hinzufügen. (Die NCX-Datei erstellt Sigil automatisch.)
Du kannst dann in Sigil einfach auf das grüne Häkchen klicken, um nach Fehlern zu suchen. Außerdem kann man mit Sigil noch automatisch das empfohlene HTML-Inhaltsverzeichnis aus der NCX-Datei erstellen, empfohlene Guide-Elemente (toc, text) hinzufügen, Metadaten aktualisieren u.v.a.m.