Die Logik dahinter ist, dass der DC-Code Contributor von Calibre gesetzt wird, wenn ein Dokument verändert wird. Dies ist im Sinne des benutzten Codes und der Nachverfolgbarkeit von Dateimanipulationen auch richtig, da in deinem Fall ein Original-Dokument in ein anders Format überführt wird und es somit nicht mehr original ist und von Calibre als Verursacher verändert und dokumentiert wurde.
Kovid befolgt mit dieser Einstellung die Regeln der Dokumentenverwaltung.
Die anderen Codes wie z.B. die Bewertung sind jedoch "nur" benutzerdefinierte Erweiterungs-Elemente des DC. Deshalb können diese auch ohne Hürden gelöscht werden sofern man das möchte.
Bei der Einstellung für das allgemeine Metadatenupdate für die Speicherung bin ich ganz deiner Meinung. Aber wenn dies der Fall wäre, würd man im Calibre Forum wahrscheinlich 100-mal in der Woche die Frage beantworten müssen, warum die Metadaten im Buch falsch sind.
Das Schöne an Calibre ist, dass man fast alles mittels den Einstellungen und den verschiedenen Plugins nach seinen Wünschen nach anpassen kann.