Nun, da Du ja jetzt positive Erfahrung gemacht hast, indem Du erst das PDF in ein anderes Format konvertierst. Für weitere spezifische Antworten zu Calibre schlage ich das englischsprachige Calibre Forum vor, wo auch der Programmierer von Calibre täglich anwesend ist.
https://www.mobileread.com/forums/forumdisplay.php?f=166