Den MobiPocketCreator hatte ich auch in meinem Test. Zumindest bei meinen PDFs war das Ergebnis nicht so gut.
Habe in meiner "Krabbelkiste" noch eine Lizenz des Abby PDF Transformers gefunden der nur vereinzelt und dann auch nur auf der letzten Seite Textsalat produziert. Nachteil ist hier auch, dass er nur einzelne Dateien verarbeitet und die in RTF umsetzt.
Formatierungsfehler und Seitenumbrüche die ich nicht mag hole ich aus dem RTF über den
TextCrawler 'raus. Der macht das im Batch.
Zum Glück ist die Konvertierung von RTF in Calibre erstklassig implementiert.
Wenn mein Scanner weiterhin so gut mitmacht müsste ich nächste Woche mit den MdI

durch sein - dem automatischem Einzug für beidseitiges scannen sei gedankt.