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Calibre: kurz und einfach: NEIN.
Da der Aufbau einer richtigen Datenbank sowieso der intensiven Pflege der Metadaten bedarf, stellt sich dir dann schon die Frage ob es überhaupt Sinn macht von deiner bisherigen File-Struktur auf eine Datenbank zu wechseln oder so weiter zu machen.
Falls du dich zu einer Datenbank - welche auch immer - entschließt, wirst du auf jeden Fall jedes File anpacken müssen. Dann kannst du auch das nicht mehr benötigte File in deiner bisherigen DB nach und nach löschen und behältst den Überblick.
Sollte dir aber bei der Verwaltung von solch einem Umfang an E-Books klar sein, oder?
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