Ich gehe mal davon aus, das du alles richtig definiert hast und auch ein Ausgangsformat gewählt hast
Eine Möglichkeit ist, das du Dateien erwischt hast, die nicht aus Textbausteinen bestehen, sondern aus umgewandelten Bilddateien oder direkte Scans ohne OCR, dann ist die Konvertierung zumindest mal sehr schwierig.
Probier doch mal den
Mobi-Pocket Creator, der liefert eigentlich die besten Ergebnisse beim konvertieren von PDFs.