Ich kenne mich mit Finereader nicht so aus, vermute aber, dass das Programm bei der Konvertierung entweder eine CSS-Datei erstellt hat oder am Anfang der HTML-Datei einen Style-Block eingefügt hat, der die Schriftgröße der einzelnen Absatzformate festlegt.
Um qualifizierte Antworten zu bekommen, müsstest Du mal auszugsweise den HTML-Quellcode von 2 Absätzen mit unterschiedlichen Schriftgrößen als Anlage anhängen oder als Nachricht posten.
So oder so dürfte die Lösung darin bestehen, global die Style-Attribute der Absatz-Tags zu löschen oder zu vereinheitlichen. Da Sigil reguläre Ausdrücke (Platzhalter) unterstützt, ist das relativ einfach.
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