Der unterschiedliche Pfad zum config-Ordner ist übrigens kein Unterschied zwischen dem x03 und dem x02, sondern ist abhängig davon, ob Profile aktiviert wurden oder nicht.
Profile nicht aktiv -> \system\config
Profile aktiv -> system\profiles\<aktives Profil>\config
Wenn das aktive Profil auf der SD-Karte liegt, dann muss auch der system-Ordner dort verwendet werden.