Um zu beurteilen, warum das TOC nicht verlinkt wurde, solltest Du mal einen Blick in die (X)HTML-Sourcen werfen (z.B. mit dem "Code View" in Sigil).
Wenn Du dort entweder im TOC keine Links (<a href="...">) oder auf der Gegenseite in den Überschriften keine Anker (<a name="...">) (oder beides nicht) siehst, ist irgendwann irgendwo irgendwas in Deinem Erstellungs- und Konvertierungsprozess schief gelaufen (möglicherweise schon beim Word-Export). Du müsstest dann nach jedem Schritt Deine erzeugten (Zwischen-)Dokumente kontrollieren, um herauszufinden, wann die Links/Anker verloren gehen.
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