[Dolansky]

Sumatra PDF nutzt ebenfalls poppler als Back-End und stellt die Test-PDF ebenfalls korrekt dar.
Den Umweg über Bitmap-Kopien einer ganzen Seite in so etwas wie Scribble, halte ich für weniger sinnvoll,- z.B. RepliGo Reader nutzt natürlich die Möglichkeiten von TransparenzLayern die in den PDF-Spezifikationen angegeben sind. Farbliche Markierungen von Text sind z.B. gestreckte farbliche, halbtransparente ovale Vektorgrafiken, die an relativer Position im Text, in der PDF mitgespeichert werden. Handschriftliche Notizen können über einen transparenten Layer, entprechend der lokalen Ausdehnung der Notiz als Rastergrafik ebenfalls mitgespeichert werden, entspricht ebenfalls der PDF-Spezifikation.
Interessant wäre dann im Moment des Editierens der handschriftlichen Notiz, das über einen aktiven transparenten Layer zu realisieren, der als bounding-box berechnet und am Ende dann, wie bereits angedeutet mit transparentem Layer als Rastergrafik-ausschnitt in der PDF gespeichert wird.
Die hochgeladene Test-PDF ist eine richtige PDF, in der der Text nach wie vor zugreifbar ist und nicht als eine Sammlung von Bitmaps in einer PDF gespeichert werden.