Das Programm PDFtoEPUB liefert bei meinen Perry Rhodans ganz akzeptable Ergebnisse und kann trotz des Namens auch MOBI ausspucken. Gab oder gibt es hier
http://www.pdftoepub.com/
in begrenzter Stückzahl für lau.
Ist auch kein Alleskönner, aber manchmal schafft es Dinge an denen Calibre verzweifelt.