Die Ergebnisse mit pdftoepub sind zumindest gut, sie kommen ohne eigene Bemühungen an eine zeitaufwendige Verarbeitung mit Finereader 10 heran. Das Programm gibt es zur Zeit umsonst.
Gibt es leider nur für Windows. Wenn man einen Mac hat, kommt man bei dem Thema eh um Parallels nicht herum.
http://www.pdftoepub.com/