Das Problem liegt aber auch eher bei Dir bzw bei Deinem Calibre-Setup als beim Reader.
Man kann in den Einstellungen von Calibre (im Device-plugin zum eigenen Reader) festlegen, welche Dateiformate in welcher Priorität auf das Gerät gesendet werden. D.h. wenn man ein und dasselbe eBook einmal als epub und einmal als PDF auf dem Rechner liegen hat (in einem Unterordner, den Calibre in seinem Datenbank/Library-Ordner automatisch anlegt), dann wird, wenn man epub eine höhere Priorität gegeben hat, beim senden auf das Gerät das Epub übertragen.
Aber das ist bei Calibre eigentlich ganz einfach. Das der Calibre-Bücherei hinzuzufügende Buch in den gewünschten Formaten (per drag'n'drop) zufügen. Calibre meckert dann evtl. wegen der gleichen Metadaten, aber man kann die zwei (oder mehr) Einträge automatisch zu einem zusammenfassen ("Merge book records" im Kontext Menü).
Das Ergebnis ist dann, daß man auf dem Rechner beide Formate liegen hat, aber bevorzugt jenes ans Gerät gesendet wird, das dort weniger Probleme macht.
ETA: Nur nochmal kurz zur Klarheit: Calibre hat einen "Datenbank-Ordner", in dem es die Bücher ablegt, die man hinzufügt. Dazu benutzt es folgende Struktur:
(angegebenes Datenbankverzeichnis)\Autor\Titel
in dem Titel-Verzeichnis legt Calibre dann die verschiedenen Dateiformate nach dem Schema "Autor - Titel.Dateityp" ab und ausserdem noch die Metadaten (Beschreibung, Tags etc.) und das Cover.
Wenn man also das alles schon vorsortiert hat, muss man das nochmal in Calibre machen, aber Calibre vereinheitlicht die Nomenklatur und Struktur und bietet Tags und Suchefunktion. Die Titel werden übrigens beim Hinzufügen in den Datenbank-Ordner KOPIERT, nicht verschoben.
Aber das hat nichts speziell mit den Pocketbooks zu tun.
Ich habe meine kleine Buchsammlung inzwischen auf meinem NAS, so daß ich ggf auch von verschiedenen Rechnern immer die gleiche Bib in Calibre habe.
