There is a box for 'Input character encoding' on the Convert|Look&Feel page.
Your attached file appears to have utf-8 coding. The first few lines of code that Calibre has extracted from the pdb are
Code:
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"/><title></title></head><body>
<p>FERMI A MRÁZ Frederik Pohl</p>
<p>Frederik Pohl rád cestuje po světě a návštěva neobyčejné vulkanické země Islandu nepochybně inspirovala tuto vizi nukleární katastrofy. Není to ani tak příběh obrazotvornosti jako pokus o přesné vylíčení - bez sebeklamu - toho, co se snadno může stát.</p>
Does this look like correct Czech?