Mit pdfreflow aus
diesem Thread - macht insbesondere bei reinen Text-PDFs saubere Arbeit. Auch wenn im Original Wörter am Ende der Zeile getrennt werden, erkennt das Tool das, und entfernt die Bindestriche.
Ansonsten kann jedes gute PDF-Tool auch konvertieren (Speichern unter oder Exportfunktion)
Mobipocket konvertiert PDFs auch, aber nur als Zwischenschritt - auch da kannst du die erzeugte HTML-Datei bearbeiten, und das eBook neu kompilieren.