Mobi ist das ältere Format, azw3 eine Weiterentwicklung, die in etwa die Fähigkeiten von epub hat. Sinn macht es, wenn das epub eingebettete Schriften oder besondere Formatierungen wie Initiale hat. Diese gehen bei einer Konvertierung nach mobi verloren.
pdf ist ein ganz schlechtes Ausgangsformat für Konvertierungen, hier wirst Du eventuell eine Menge manuell nacharbeiten müssen.
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