Das mit Calibre lässt sich womöglich erklären. Dazu müsste man wissen, was genau Calibre denn entfernt.
Man kann in HTML und CSS auf mehre Arten das Design definieren (css:style-*, html:<style>) und das jeweils an unterschiedlichen Punkten im Code wie z.B. direkt im Text oder an einzelnen Elementen. Davon abgesehen könnte man auch einfach in einer Stylesheet Datei die Styles für jedes einzelne HTML Element (<body>, <table>, <td>, <div>, <span>, <strong> ...) fest vorgeben (lassen wir Rücksicht auf Standardkonfirmität mal außen vor).
Der erste Schritt wäre also sich erstmal das Buch anzusehen um festzustellen, wo überall die Styles angegeben werden. Anschließend kann man schauen, was Calibre überhaupt bei der Entfernung alles berücksichtigt. Im Anschluss kann man nach der OPS analysieren, wer sich nicht an den Standard hält.
Der von dir angegebene Link ist goldig. Ich sage nur Abschnitt 1.4 "The keywords "must", "must not", "required", "shall", "shall not", "should", "recommended", "may", and "optional" in this document must be interpreted as described in RFC 2119.".
[Nachtrag]
Die OPS enthält übrigens auch eine Anmerkung zu der von uns diskutieren Thematik. In 3.4 gehen sie auf integrierte Fonts ein und sagen u.a.: "Fonts must not provide mappings for Unicode characters that would change the semantics of the text (e.g. mapping the letter "A" to a biohazard symbol).".