Die extensions.cfg brauchst du eigentlich nur, wenn du entweder fremdanwendungen wie den CR3 installiert hast oder den Standard ändern willst. Ansonsten ist der Adoe Standard für epub und PDF, der fbreader für den Rest.
Die verschiedenen extensions.cfg die hier rumschwirren sind alle schon steinalt, der pdfviewer ist schon seit zwei Modellgenerationen nicht mehr installiert, kann deshalb auch nicht mehr aufgerufen werden. Warum der fbreader nicht mehr funzt weiss ich nicht, hast du Änderungen mit Windows Notepad vorgenommen? Das ist nicht kompatibel, für Änderungen brauchst du notepad++ oder ähnliches.
Ansonsten einfach mal rumprobieren, die entsprechende Zeile sollten etwa so aussehen
Code:
epub:@EPUB_file:1:fbreader.app,AdobeViewer.app,:ICON_EPUB
pdf:@PDF_file:1:AdobeViewer.app:ICON_PDF