Du hast insofern recht, als dass der Zeichensatz normiert ist und die Fonts darauf abgestimmt. Das muss aber nicht bedeuten, dass dies zwingend der Fall sein muss. Erstellst du ein Font, welches einfach andere Zeichen enthält, dann ist dem eben so.
Es gibt durchaus Fonts, welche keine reguläre Schrift beinhalten wie z.B. Microsoft Wingdings (
http://de.wikipedia.org/wiki/Wingdings). Sowas ist mit Unicode zwar häufig nicht mehr notwendig, will man jedoch spezielle Zeichen darstellen, kann man einfach ein Font für ein existierenden Zeichensatz verwenden, welcher einfach andere Symbole darstellt.
Deine Vermutung zu ePub ist korrekt. Eine Einbindung von Fonts ist nicht erforderlich, da der Zeichensatz angegeben ist bzw. einfach einer angenommen wird (vermutlich ASCII oder Unicode). Heutzutage wird quasi "alles" mit Unicode erstellt, bis vor einigen Jahren eben Variationen von ASCII.
Mit der Implementierung von Fonts (ka ob das mit ePub geht, bei PDF ist es möglich) würde das Verlagshaus sicherstellen, dass der jeweilige Font auch auf dem Endgerät zur Verfügung steht. Durch die Verwendung des Font als Styleangabe (ein ePub ist ja "nur" eine HTML Seite) kann man festlegen, wo welche Schrift verwendet werden soll. Damit hat man natürlich den Vorteil das Design komplett zu kontrollieren. Dem Leser nimmt man jedoch die Möglichkeit zu benutzerdefinierten Einstellungen, wenn der Reader keine Möglichkeit kennt, die Styleangaben in Teilen zu ignorieren. Womöglich benötigt Person A die Schrift A inkl. Schriftgrößenangabe, da er sie viel besser lesen kann oder er findet die verwendete Schrift B einfach nur nicht optisch ansprechend.