Hallo,
ich habe bei der Erstellung meiner epub-Dateien vor ähnlichen Problemen gestanden. Vor allem das Handling der Bilder und der diversen Inhaltsverzeichnisse hat mich genervt. Deswegen habe ich mir eine Software geschrieben, die die ganze Verwaltung übernimmt, beim XHTML des Inhalts aber alle Freiheiten lässt:
http://www.epuper.de/ (Freeware, Windows). Viel Spaß beim Schreiben!
A.