Man kann mit Calibre alle epubs nochmal neu (in epubs) konvertieren und dabei die im Ebook-CSS eingebauten Ränder (und dabei auch gleich die fixen Schriftarten) entfernen lassen, original Anleitung
hier, nur zusätzlich auch noch die Ränder in den Stil-Informationen anklicken.
Dann müsste man nur noch im Feld "Extra CSS" den entsprechenden rechten Rand einsetzen und fertig. Leider weiss ich nicht wie man den entsprechenden Befehl formuliert, aber da findet sich mit Sicherheit jemand.
Der Vorteil von Calibre gegenüber Sigil ist dabei, dass du alle Bücher auf einmal verarbeiten kannst, Schrift und Ränder entfernen dauert bei 1300 Büchern etwa 4 Stunden