Eine Ligatur könnte vielleicht wirklich die Ursache sein, immerhin findet die Suchfunktion ja die Zeichenfolge, zeigt dann aber eben nur eine grau hinterlegte leere Stelle an.
Hm, ich könnte versuchen eines der betreffenden eBooks extern anzuschauen (z.B. in Calibre) und dann umzuwandeln.
Auffallend ist nur, das nicht alle eBooks betroffen sind, das Problem tritt eben nur bei einigen auf. Ich muss aber sagen, dass ich mich mit dem Format nicht wirklich auskenne, vor allem was Dinge wie eingebundene Font-Einstellungen angeht habe ich keine Ahnung...
Edit:
Versuch 1: Externe Anzeige in Calibre stellt die Zeichen richtig dar, habe es dann umgewandelt, wobei ich das Feld "Ligaturen beibehalten" nicht angeklickt habe.
Resultat: Keine Änderung
Versuch 2: Under "Layout" -> "Stil-Informationen filtern" habe ich einen Haken bei "Schriftarten" gemacht.
Resultat: Schriftarten lassen sich jetzt ändern, Darstellung von "fi" funktioniert sowohl mit default als auch mit anderen Schriften.
Das Problem ist also lösbar...
Edit 2: Ich könnte mich täuschen, aber mit "default" schein die Ligatur im geänderten Dokument korrekt als Ligatur angezeigt zu werden.