Servus,
du kannst das Buch einfach in den Ordner "My Kindle Content" verschieben, dann wird es erkannt.
Ich würde dir als Konvertierungstool übrigens den
Mobicreator empfehlen, der liefert meistens bessere Ergebnisse als Calibre.
Die Dateien in Calibre kannst du löschen, indem du das Falldown Menü rechts neben dem grünen Löschpfeil öffnest, da gibt es dann den Punkt "Dateien des angegebenen Formats der..." einfach auswählen und fertig.
Have fun